Большинство окрасов, принятых стандартом, и некоторые, которые еще не приняты, появились в следствии мутации. Многие мутации происходят незаметно, а многие влияют на размер, форму тела, количество детенышей в помете, рост, зубы и кости свинок. Обычно мутации не сильно выражены или рецессивны по поведению, поэтому практически незаметны. Тем не менее, когда животные-родственники спариваются в течение нескольких поколений, появляется вероятность, что два животных, несущих один и тот же рецессивный ген, могут быть спарены и произвести на свет потомство, обладающее рецессивными генами в двойном размере. Относительно окраса можно привести случай, который в действительности имел место на раннем этапе одомашивания свинок в А (агути) последовательности. Рецессивная мутация А-а. Два очевидно чистых агути (АА) были скрещены. Они явно принадлежали к генотипу Аа, а один из их детенышей был аа, не-агути, возможно черный селф. Гены родителей перекомбинировались каким-то образом у их потомков. Поэтому дикие животные, чьи гены, отвечающие за окрас, были возможно ААВВССЕЕРРSS..... (гладкошерстные золотые агути), постепенно, вынужденно производили потомков, которые обладали различными новыми окрасами. Дикий предок свинок возможно был Cavia Cutteri - дикая свинка из Перу. Одомашненный вид называется Cavia Porcellus. Другая дикая свинка, Cavia Rufescens, была скрещена с одомашненными свинками, и они-то и стали родоначальниками агути с крапинками на животе (Ticked Bellied Agouti) - (Ar), широко известные у американских заводчиков. 

Другой способ, вследствие которого может появиться новый окрас, - это рекомбинация известных генов новым образом. Так появился золотой окрас (Golden). Фактор, отвечающий за розовые глаза (р) был у бежевых и сиреневых свинок (Beiges, Lilacs) и скомбинировался с ее (красным) и в результате появились свинки с глубоким золотым окрасом и розовыми глазами, генотип ееpp. 

Третий способ получить новый окрас - это практическая селекция. Грубо говоря, окрасы, которые появляются, не являются новыми, просто это модификация существующих окрасов. У диких животных срабатывает закон естественного отбора, где самый приспособленный к условиям выживает и размножается. Среди же одомашненных животных естественный отбор заменен искусственой селекцией, например, с целью получения мясного и молочного рогатого скота или овец с обильной шерстью. Любители свинок добиваются получения желаемого окраса и типа, а если они профессионалы, то ставят все более и боле трудные для достижения задачи. Они занимаются селекцией, используя только животных, которые соответствуют определенному стандарту. Как пример модификации окраса в процессе селекции, можно рассмотреть породу свинок Пестрые (Brindle). Они имеют такой же главный ген ер, как и свинки с черепаховым окрасом, но также здесь присутствуют и другие гены с менее значительным эффектом. Некоторые из этих незначительных генов имеют маленькое модификационное влияние на окрас и его распределение. 

Возможно, негенетические факторы тоже оказывают влияние. Свиноводы вывели свинок, которые были пестро окрашены и в дальнейшем в разведении использовали только их, таким образом заставив слабые гены, отвечающие за повышенную пестрость, войти в игру, и теперь порода Brindle рассматривается как отдельная. Также заводчики трехцветных (черепахово-белого окраса) и черепаховых свинок выводили их так, чтобы по возможности избежать пестроты (смешения окрасов). Если бы дело не было доведено до конца, то все эти попытки вылились бы в возврат к неизменному ер, черепаховому окрасу с различной степенью пестроты. Сложность, которая может возникнуть в работе селекционеров, заключается в том, что сосредотачиваясь и уделяя внимание только желаемым признакам, заводчику, возможно, придется упустить из виду другие, не менее важные качества, такие как породный тип или размер. Но однажды утратив эти качества, в дальнейшем может оказаться очень трудно получить их снова. Но если задача селекционера заключалась также и в достижении и закреплении желаемых качеств в окрасе, и в породном типе и размере, то он может обнаружить, что черезвычайно малое количество свинок соответствует его требованиям. Возникает необходимость компромисса, чаще всего заключающегося в использовании животных, обладающих отдельными достоинствами по каждому из пунктов.