Исчезновение белой окраски цветков в первом гибридном поколении и ее появление в последующих поколениях, а также сходное поведение других изучавшихся признаков позволили Менделю сформулировать правило, получившее название закона доминирования: если контрастирующие гены какого-либо признака присутствуют у гибридных индивидуумов, то один из них может проявиться у данного индивидуума и замаскировать присутствие своего партнера. Ген, который проявляется, или экспрессируется, называют доминантным, а замаскированный ген - рецессивным. 

Обнаружить наличие того или иного рецессивного гена можно только в том случае, если данный индивидуум гомозиготен по этому рецессивному гену, т.е. несет два идентичных рецессивных гена; в этом случае рецессивный признак у него проявляется. У индивидуумов, гомозиготных по доминантному гену (несущих два идентичных доминантных гена), и у гетерозиготных индивидуумов (несущих два разных гена, в данном случае - один доминантный и один рецессивный) экспрессируется только доминантный ген, и по внешнему виду различить их невозможно. 

Генетики часто пользуются для обозначения генов буквенной символикой: доминантный ген, ответственный за тот или иной признак, они обозначают прописной буквой, а рецессивный - соответствующей строчной; следуя этому правилу, ген красной окраски цветков у гороха в опытах Менделя можно обозначить буквой R, а ген белой окраски - буквой r. 

Если у индивидуума экспрессируется какой-нибудь доминантный ген, то именно из-за доминирования трудно сказать, гомозиготен или гетерозиготен этот индивидуум по данному гену. О таком индивидууме говорят, что у него доминантный фенотип, т. е. такой же фенотип, как у особи, гомозиготной по данному доминантному гену. По генотипу же, т. е. по своей подлинной генетической конституции, этот индивидуум может быть как гомозиготным, например RR (две дозы гена красной окраски цветков), так и гетерозиготным, Rr (один ген красной окраски цветков и один ген белой окраски). У индивидуума с рецессивным фенотипом (в нашем примере - белые цветки) должен быть рецессивный генотип rr (два гена белой окраски цветков). 

Генотип индивидуума определяется в момент оплодотворения; фенотип же его представляет собой результат взаимодействия всех его генов друг с другом и с различными факторами среды. Например, растение может быть низкорослым потому, что оно несет в себе «гены карликовости», или потому, что оно не получило достаточного количества питательных веществ и не смогло вырасти таким, как это диктовали имеющиеся у него «гены высокого роста».